Les enjeux et les impacts des ouvrages transversaux sur les cours d’eau sont variables selon :
- le type d’ouvrage (hauteur de chute, caractéristiques de l’ouvrage) ;
- le nombre d’ouvrages successifs sur le profil en long du cours d’eau ;
- les caractéristiques du cours d’eau (pente du cours d’eau, gabarit, etc.).
L’impact des ouvrages sur les milieux aquatiques peuvent se décliner en deux grandes catégories :
• Des écoulements fortement modifiés par « l’effet retenue » :
A l’amont des ouvrages, la rivière se comporte comme une retenue d’eau profonde et large avec une vitesse d’écoulement ralentit.
Sur la Seiche aval, de sa confluence avec la Vilaine jusqu’à l’étang de Marcillé-Robert, les ouvrages transversaux se succèdent les uns après les autres, ne laissant que très peu de linéaires d’écoulement libre. La Seiche laisse alors apparaître un paysage de « plans d’eau successifs ».
Sans ouvrages, la rivière retrouve sa dynamique naturelle avec des séquences d’écoulements diversifiés et des berges douces végétalisées. Des zones moins profondes apparaissent avec des écoulements rapide et un substrat grossier (graviers, pierres) qui oxygénise, rafraîchit et auto-épure l’eau. Ce sont également des zones très recherchées pour certains poissons (chabot, vairon, truite, goujon...) et certains invertébrés (calopterix, tricoptères, éphéméroptères, etc.).
A Chartres de Bretagne (Seiche) et à St Erblon (Ise) en période estivale
L’effet « retenue » se traduit donc par une homogénéité des habitats aquatiques avec des berges abruptes et uniformes, un lit plus envasé, et des écoulements homogènes. Les variations saisonnières des débits sont atténuées, les petites crues supprimés.
Cette perte d’habitats se caractérise par une population piscicole et invertébrés moins diversifiée.
Le phénomène d’eutrophisation, lié à la richesse en phosphore de l’eau, peut être accentué par ces retenues. Celles-ci contribuent au réchauffement et à la désoxygénation de l’eau en période estivale.
Ce phénomène d’eutrophisation se traduit par un développement d’algues excessif, très présent sur la Seiche en période estivale.
• La continuité piscicole et sédimentaire :
Les ouvrages transversaux empêchent ou freinent aussi la franchissablité des poissons et la circulation des sédiments de l’amont à l’aval (sable, du gravier et des pierres).
La mobilité des espèces piscicoles dont le brochet, et l’accès à leurs habitats pour leur reproduction, leur alimentation et leur croissance, est restreinte voire condamnée par ce cloisonnement des rivières.
Le diagnostic des cours d’eau du bassin de la Seiche de 2010 a ainsi inventorié 294 ouvrages infranchissables pour le brochet dont 284 font obstacles à la continuité sédimentaire.